شارك الأستاذ زكي الميلاد في ندوة: (نحو نسق فكري إسلامي) التي نظمها في العاصمة السودانية الخرطوم معهد إسلام المعرفة ـ جامعة الجزيرة, بالتعاون مع اتحاد جامعات العالم الإسلامي, والمنظمة الإسلامية للتربية والعلوم والثقافة (إيسسكو), عقدت في الفترة ما بين 7ـ8 أكتوبر 2009م, برعاية وزير العلوم والتكنولوجيا السوداني الدكتور إبراهيم احمد عمر.
في هذه الندوة قدم الأستاذ زكي الميلاد ورقة حملت عنوان: (التكامل المعرفي بين العلوم في رؤية علماء الطبيعيات المسلمين المعاصرين), قدمها في جلسة العمل الأولى التي أدارها الدكتور حسن مكي من السودان, وشارك في هذه الجلسة الدكتور عبد المجيد النجار من تونس, والدكتور محمد بن نصر من تونس الذي قدم بالنيابة ورقة أبو بكر محمد احمد.
واشتملت الندوة على خمس جلسات عمل بالإضافة إلى جلسة الافتتاح, وجلسة النقاش المستديرة التي أدارها الدكتور إبراهيم احمد عمر في نهاية أعمال الندوة.
حضر الندوة جمع من الباحثين والأكاديميين من السودان والعالم العربي.
